Od srpna 1940 byli nařízením Ministerstva školství a národní osvěty židovští žáci vyloučeni ze všech škol s českým vyučovacím jazykem. Z německých škol byli vyloučeni již o rok dříve. Počet židovských studentů na naší obchodní akademii dle údajů v první protektorátní ročence výrazně poklesl. Za první republiky se počet židovských studentů na škole pohyboval v rozmezí počtu 20 - 36 osob, přičemž jde o ty, kteří se aktivně přihlásili k židovskému vyznání. Ve školním roce 1939 - 1940 se k židovskému vyznání přihlásilo 13 osob. Skutečný počet žáků spadající pod definici norimberských zákonů však mohl být vyšší.

Od školního roku 1940/1941 mohli židovští žáci navštěvovat pouze školy židovské, které na úrovni středního školství prakticky nebyly. V létě 1942 byl pak nařízen úplný zákaz vyučování žáků židovského původu a uzavření všech doposud existujících židovských škol.

Vyučujícím, kterého zasáhla nacistická protižidovská politika na Českoslovanské akademii, byl Leo Lederer. Byl vystudovaný chemik a vyučoval psaní na stroji a zbožíznalství. Už 20. března 1939 byl s okamžitou platností přesunut na dovolenou s čekatelným a později do trvalé výslužby. Do školy se pak už nikdy nevrátil - v roce 1941 byl transportován do Lodže, kde zahynul. Jiné vyučující židovského původu, konkrétně Věra Friedmanová a Věra Becková-Fischerová, pak před nacisty utekly do zahraničí.

Naprostá většina žáků židovského původu do školních lavic už nikdy nezasedla - zemřeli ve vyhlazovacích táborech v Polsku.